November 19th, 2019

chem

(no subject)

В каментах к псто о прогрессе в рассчётах сформулилось почему вряд ли удастся вообще "из первых принципов" считать живое.

Там, помимо размеров расчётов и создания стартового файла со всеми атомами в клетке всё упирается в две дыры первопринципных расчётов, затыкание которых принципиально для корректного описания даже не биологии, а воотще супрамолекулярной химии:
1) энтропия - напрямую она не считается, в принципе можно оценить, но для этого надо считать вибрации, что гораздо затрантнее самого расчёта (в разы),
2) слабые связи - из за особенностей перехода от многоэлектронной задачи к одноэлектронной (там считается, что электрон движется в едином поле не только всех ядер, которые "статичны" и поэтому их вклад возможно вывести аналитически, но и остальных электронов, которые динамичны, и поэтому вводится поле описываемое неким функционалом) часть слабых сил оказываются недоучтёнными (прежде всего дисперсионные силы, обусловленные флуктуациями электронной плотности, потому как мы электронную плотность усреднили введя функционал), для их учёта вводят поправку, иногда она работает, но совершенно, например непонятно, что делать со связями между вродородными и чисто ван дер Ваальсовскими, например, когда перекрывются пи-орбитали (межслойное расстояние в графите воспроизвести не удаётся, а с тем функционалом с которым удаётся получаются неправильные результаты для большинства остальных связей).

Ещё одна, пожалуй фундаментальная проблема - это то, что первопринципные методы построены исходя из существования некоего основного состояния (ground state) систем, все иттерации нацелены на приближение к этому равновесию. А какое основное состояние в клетке?

То есть в принципе можно сосчитать кристалл, возможно даже стекло размером с клетку, но не саму клетку.