?

Log in

No account? Create an account
dix

December 2020

S M T W T F S
  12345
6789101112
13141516171819
20212223242526
2728293031  

Tags

Powered by LiveJournal.com
chem

мой диван всегда прав

Неск раз ужо гойворил, что разная смертность по странам не из-за склонности населения к обнимашкам, качества медицинки или сокрытия/завышения статистики властями, а оттого, что повидно разное, и вот пожалуйста:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7247990/

Ну и к вопросу "китайцы врали" про симптомы, тяжесть и вентиляторы
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7238997/
пишут, что разные версии вызывают разную симптоматику.

Ну и отмечу, что в Корее и Японии, где вирус пущен в свободный пробег никаких ужасных мутаций не возникло, наоборот - полная деградация. И тут три выхода - признать, что в жолтом теле вирус мутирует по другому (фэ какой расизм), признать, что корреляция убойных мутаций и карантина - это неспроста, ну или сказать, что в разные страны завезли разные штаммы.

Спасибо agasfer за перелопачивание пабмедовской кучи.

Comments

Скорее всего это туфта
Ваше мнение очень ценно для нас, пожалуйста оставайтесь на связи.
Гггг
Чувак, а ты по чем специализируется? Я забыл. Сиквенируешь чего?

ЗЫ: то, что принимают/выдают за значащую замену - скорее всего, является ошибкой сиквенирования.

Edited at 2020-06-16 09:00 am (UTC)
Воспроизводимой ошибкой?

следует держаться в рамках компетенции

но рамки всегда можно расширить

есть последовательности проблематичные для сиквенирования. см "GC"-reach sequences"; "G/C-stretches"; "sequencing of GC-dinuclotide repeats"; "sequence compressions"
такие места всегда будут нечитаемы либо читаемы с одной и той же ошибкой. если применять один подход (метод/реактвы/направление) - будет так.

Asp - два кодона: GA(T/C)
Gly - четыре: GGN
я правильно понимаю, что если "нечитаемый" кусок одинаковый, то и ошибочное прочтение тоже будет одинаковое?

"N"

да, но не всегда
чаще всего так
но если начало/конец фрагмента отличаются по длине/позиции, то могут быть варианты
Хор, то есть с высокой вероятностью эти две разные мутации таки существуют, а что там именно в этом куске для того о чём я не важно.
Гггг
А чиво тока две?
Того шо сильно хочицца?
Вот опят, вы жи ничего не понимаете. Даже того скока там вариантов может быть. Не говоря уже о том, к чему ведёт замена нейтрального поляронго (никакого) остатка на кислоту.

Edited at 2020-06-16 10:22 am (UTC)
Хорошо, давайте будем понимать. Я сейчас ещё раз распишу всё по частям, пронумерую утверждения, чтоб была возможность указать с каким именно несогласны.

1) допустим там есть трудночитаемый участок
2) при его чтении выскакивает либо вариант D либо вариант G
3) такая кучность говорит о том, что если ошибка и есть, то она системная
4) это означает, что D и G в большинстве случаев соответствуют икс и игрек
5) так для моих спекуляций что такое икс и что такое игрек не важно, важно что есть есть две различимые группы вирусов одна с иксом другая с игреком
3') Мы не знаем, управляется ли системная ошибка (без)сознательными действиями измерителей.
Измерители в разных странах и в разных лабах бессознательно ошиблись в одну сторону.
Легко. Если идея завладела массами, массы следуют за идеей.

Это как с приписками про вирусных/невирусных. Если в определённых условиях выгодно писать вирус всем, будут приписывать в любой локации и любые люди.
А что идея уже владела массами на тот момент, когда секвентировали?
Тут уже надо смотреть аномалии в выборке. Идея может быть любая от характера отбора проб до выбора объединяющего параметра для визуализации при написании статьи.

Причём, "злобный вирус" может быть просто короткодистантным, а "добрый вирус" всего лишь долгоживучим, не отличаясь по остальным параметрам поражения.

общие соображения

1. Все хотят поюзать хайп (грант, деньги)
2. работы такого рода - сиквенирование образцов, самые простые/тупые, но трудоёмкие. Хорошо подходят для китайцев. Но просто так сиквенсы не опубликуешь. Для статьи нужно... анализ и ЭФФЕКТ!
3. Всё это уже было в 90-е на счет ВИЧ, но тогда сиквенсы проверяли глазами/руками. А теперь с нынешними масштабами - всё програмное.

ЗЫ: нечитаемое место в сиквенсе - "N"

Edited at 2020-06-16 09:47 am (UTC)

Re: общие соображения

Похоже, у нас история как с ланцетгейтом. Кой-кому нужно отмазаться по вопросам высокой смертности. Тут даже не надо материальной заинтересованности. Если рассказать, что высокая смертность не оттого, что народ по домам престарелых позаражали, а потому, что у вируса хитрая мутация, то цитирование взлетит до небес.

Re: общие соображения

Кстати, заражение по больницам может, как раз, выводить специальную мутацию с сильным поражением, способную эффективно передаваться через врачей и престарелых пациентов и их сиделок.

Там, где этого не делают, лучше распространяются те мутации, которые переносятся на ногах.
Дык, какбэ из статьи как раз про это вывод и напрашивается. Спасибо, кэп.
Пардон, пост начинается со слов "разная смертность по странам не из-за склонности населения к обнимашкам, качества медицинки или сокрытия/завышения статистики властями, а оттого, что повидно разное"

Когда "напрашивающийся вывод" наоборот: В результате склонности к обнимашкам (низкая выживаемость, большая вирусная нагрузка), качества медицинки (распространение тяжёлых форм) и сокрытия статистики властями (неадекватные меры) не только смертность высокая, но и генетический код у вируса разный.

Короче, высокая смертность вполне идёт корреляцией, а не зависимостью от злобности вируса.
Ну если так-то да, но речь о том, что связь-то непрямая, хотя, что в Греции или на Балканах не обнимаются и отличная медицина?
1. Количество заражённых нам неизвестно. Нам известно количество позитивных тестов. Тест дорогой. Графики сильно зависят от расходов на тестирование и на критерии постановки диагнозов. (В России изменили так, что вирус пишут одному на десять или на двадцать.)

2. Смертность сильно зависит от проникновения вируса в группы риска. Тут уже играет роль только характер карантинных мероприятий. Один дом престарелых даст сразу скачок смертности и локально, и на всю страну. (Хотя, тут в категории "до" в реанимации лежали доходяги с букетом болезней, а "умерший ребёнок" оказался просто стариком, которому при оцифровки из возраста выкинули 100, оставив только 8.)

В принципе, надо бы смотреть смертность среди врачей (это категория более-менее здоровых и разумных) и смертность до 60 (это "здоровые", а не просто умершие от других болезней при развале медобеспечения).

Re: общие соображения

"2. работы такого рода - сиквенирование образцов, самые простые/тупые, но трудоёмкие. Хорошо подходят для китайцев. Но просто так сиквенсы не опубликуешь. "

а они и не публикуют, они берут сиквенсы с сайта (там указан), то есть сделанные в разных лабах, и их анализируют

(Anonymous)

Случайно увидела ваш пост - это фейк. Ничего этнического в восприятии вируса нет. Видно, что есть регионы, более пострадавшие и менее пострадавшие. Почему - не ясно. Почему на Балканах ничего практически не было, а в Италии - было, почему в Америке было и в Нью Йорке хасиды и прочее им подобное болело - умирало, а в Израиле те же самые хасиды и прочее им подобное переболело без последствий. Этническая версия, кажется, очень любима русскими патриотами😂
Так псто как раз о том, что разница между вирусами, куда как заметнее чем разница между народами.
В Италии в некоторых локациях удалось удачно заразить больницы и дома престарелых, плюс развалить систему здравоохранения, что дало всплеск вирусных и невирусных смертей. Жуткие цифры по Америке - это тоже, в основном, Нью Йорк, где домам престарелых приказали "не отказывать" пациентам с вирусом, что привело к массовым заражениям.